跨境电子商务有以下几种主要运营模式，模式类型在一定程度上决定了用户体验。
自营+平台模式
该模式比起买家系统C2C模式和直邮模式，在产品质量，服务标准和物流配送方面更加安全。通过保税仓发货的商品物流配送更有时效性，且有平台作为担保，服务、售后等更便捷、放心。
购买手工制作模式
购买模式分为买方C2C（个人与个人之间的电子商务，即消费者间）和买方B2C（商家对个人之间的交易），如果平台没有严格检查卖方的身份，对货物真实性的监督薄弱，易于出售些不利于消费者商品。
海淘返利模式
帮助海外网站带客户过去，成交之后，海外网站会给海淘返利平台一笔佣金作为回报，海淘返利平台为了让用户更多的去海外下单，就拿出来一部分佣金返给用户，这笔钱就叫返利，但在消费者退税模式存在诸多问题。以国内网购回扣平台为例，不依靠承诺退货，资金回归账户很长时间等等。
以社区为基础的自营B2C模式
通过代运营方式售卖商品，不产生货物积压，一般会产生月结，周结等方式获得代运营佣金；但是由于不是自己发货，出现售后问题处理繁琐，影响用户体验。
跨境电商基本上分为三类，包括交易主体，交易类型和项目的流动性，具体如下：
按交易主体分类
跨境电商根据主体种类的不同，可以将交易分成三类，政府、企业以及个人。首先，个人就是指作为消费者在跨境电商平台上购买的人群，企业是指对于一些团队购买的公司，政府方面目前跨境电商并未涉及到政府这一主体。
按交易项目分类
按照跨境电商的电子商务网进行物品品类的划分，跨境电商分为综合型以及垂直型两种，其中垂直型跨境电商主要针对特定的领域、特定的需求进行服务。综合性跨境电商则相反，展示的商品种类很多、很杂，涉及到很多行业。
根据项目的流动性进行分类
跨境电子商务本身商品流动性较大，它跨越了国家的空间范畴。按照物品的流动性进行划分。可分为两大类，其一是跨境进口电商，其二是跨境出口电商。首先，跨境进口电商是从事指跨境进口电子商务的服务，其次跨境出口电商就是指从事跨境出口电子商务的服务。
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