在跨境电子商务资金支付外汇管理方面，首先是交易双方身份真实性审核难度大。由于跨境电子商务完全依附于网络平台，这导致交易双方身份透明性较低，并且平台上每天的交易订单、支付、物流等从不同渠道获得的信息数量繁多，这给第三方支付机构了解客户、对资金收付进行真实性比对审核增加了难度。同时，由于资金收付、结购汇均由第三方支付机构代理完成，银行对境内外双方情况并不是完全了解，间接导致交易风险增大。
其次是国际收支申报信息准确性难以得到保证。目前，对于第三方支付机构办理跨境交易的实际收付款数据和还原数据，需要通过银行进行国际收支间接申报。由于支付平台交易笔数多、部分单笔金额小，客户（特别是个人客户）提供申报信息的准确性良莠不齐，支付机构工作人员的业务水平和对政策的掌握以及对订单、支付、物流等信息的审查、匹配宽严度不一等都会给数据申报准确性带来偏差。
再次，外汇管理政策有待进一步完善。由于跨境电子商务属于新兴产业，目前，外汇管理方面仍存在着监管空白区域。比如，政策规定未在名录的贸易企业不能办理外汇收支业务，但随着跨境电子商务贸易发展，部分不在名录企业也涉入其中；又如，由于个人业务在规定额度范围内办理购付汇不需要单证，个别企业出于不同目的会将贸易款项通过个人账户进行违规分拆方式收付等。
针对以上三种情况，小编建议应从以下几个方面来解决。
加强银行对跨境电商收付信息的真实性审核力度。除不断提倡加强跨境电商自律外，为了更好地保障其通过银行办理跨境收付业务数据信息的真实准确性，可以采用二者数据共享的模式来解决交易双方信息不透明所带来的审核困难问题。在这其中，银行机构需加强对其具体经办人员业务素质及能力的培养，充分发挥其“代位监管”职能；利用成熟的行业经验协助第三方支付机构加深对客户的了解以及实现在数据交互中的真实性监管；利用大数据技术，实时比对第三方支付机构获取的订单信息、支付信息和物流信息，做到三单信息跟踪匹配，保障数据审核的完整性、真实性和高效性。
多措并举提高国际收支申报质量和效率。为保证国际收支申报数据质量，解决转手数据真实性这一问题，可考虑采取以下几方面措施：根据国际收支申报要求鼓励跨境电商联合物流企业共同开发数据采集系统，并与国际收支申报系统对接，实现订单、支付和货物信息自动匹配销号申报；实行考核分类制度，外汇管理部门对于自觉遵守外汇管理法规、经营期内无重大外汇违规行为以及申报信息真实、申报数据准确率高的第三方支付机构允许其进行自主申报；外汇管理部门和代申报银行加强对第三方支付机构国际收支申报业务的培训指导，从而提升申报工作质量。
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