2月11日，国务院召开常务会议，决定对罕见病药品给予增值税优惠。从3月1日起，对首批21个罕见病药品和4个原料药，参照抗癌药对进口环节减按3%征收增值税，国内环节可选择按3%简易办法计征增值税。
2月22日，财政部发布通知：自2019年3月1日起，对首批21个罕见病药品和4个原料药，减按3%征收进口环节增值税。
关于罕见病药品增值税政策的通知
财税〔2019〕24号
各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局），新疆生产建设兵团财政局，海关总署广东分署、各直属海关，国家税务总局各省、自治区、直辖市、计划单列市税务局：
为鼓励罕见病制药产业发展，降低患者用药成本，现将罕见病药品增值税政策通知如下：
一、自2019年3月1日起，增值税一般纳税人生产销售和批发、零售罕见病药品，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税。上述纳税人选择简易办法计算缴纳增值税后，36个月内不得变更。
二、自2019年3月1日起，对进口罕见病药品，减按3%征收进口环节增值税。
三、纳税人应单独核算罕见病药品的销售额。未单独核算的，不得适用本通知第一条规定的简易征收政策。
四、本通知所称罕见病药品，是指经国家药品监督管理部门批准注册的罕见病药品制剂及原料药。罕见病药品清单（第一批）见附件。罕见病药品范围实行动态调整，由财政部、海关总署、税务总局、药监局根据变化情况适时明确。
附件：罕见病药品清单（第一批）
财政部 海关总署 税务总局 药监局
2019年2月20日
附件
涉及药品税号
以下为公告所涉及的商品十位编码（编码来源：2019年新税则编码Excel优化版），图示中增值税为现执行税率，2019年3月1日正式实施后，将减按3%征收进口环节增值税。
药品进出口申报最新注意事项
2019年药品进出口报关时，对于列入“L”证管理的药品，录入报关单时会提示“L”证的，与此对应有两种情况：
情况一：国家食品药品监督管理局可签发“L”证，直接添加“L”证申报。
情况二：国家食品药品监督管理局不签发“L”证，则要增加备注栏信息“不含联合公告第39号2019年兴奋剂目录公告内的品种”和上传附件（1.书面报告和2.药品成分说明书），海关亦可办理正常放行手续。
如果少了以上备注栏和随附单证栏的信息，企业只能改单补充完整后，海关才可以办理报关单放行手续。（此条企业切记如实申报，以备海关后续监管和查验）。
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