保税仓作为跨境电商零售进口业务中重要的一环，由于保税仓的特殊性，受到海关的监管，根据海关对保税仓库及所存货物的管理规定（海关总署令第105号）经署令第235号修订，规范的保税仓库货物管理办法。
海关对保税仓库的管理
1、保税仓库不得转租、转借给他人经营，不得下设分库。
2、海关对保税仓库实施计算机联网管理，并可以随时派员进入保税仓库检查货物的收、付、存情况及有关账册。海关认为必要时，可以会同保税仓库经营企业双方共同对保税仓库加锁或者直接派员驻库监管，保税仓库经营企业应当为海关提供办公场所和必要的办公条件。
3、保税仓库经营企业负责人和保税仓库管理人员应当熟悉海关有关法律法规，遵守海关监管规定。
4、保税仓库经营企业应当如实填写有关单证、仓库账册，真实记录并全面反映其业务活动和财务状况，编制仓库月度收、付、存情况表，并定期报送主管海关。
5、保税仓库经营企业名称、主体类型以及保税仓库名称等事项发生变化的，保税仓库经营企业应当自上述事项变化之日起30日内，向主管海关办理变更手续。
6、保税仓库变更地址、仓储面积（容积）等事项的，保税仓库经营企业应当提前向主管海关提出变更申请，并办理变更手续。
7、保税仓库变更仓库类型的，按照本规定第二章保税仓库的设立的有关规定办理。海关应当注销变更前的注册登记，收回原《保税仓库注册登记证书》。
8、保税仓库终止保税仓储业务的，由保税仓库经营企业提出书面申请，经主管海关受理报直属海关审批后，交回《保税仓库注册登记证书》，并办理注销手续。
保税仓库所存货物的管理
保税仓储货物入库时，收发货人或其代理人凭有关单证向海关办理货物报关入库手续，海关对报关入库货物的品种、数量、金额进行审核，并对入库货物进行核注登记。
1、保税仓储货物可以进行包装、分级分类、加刷唛码、分拆、拼装等简单加工，不得进行实质性加工。
保税仓储货物，未经海关批准，不得擅自出售、转让、抵押、质押、留置、移作他用或者进行其他处置。
2、下列保税仓储货物出库时依法免征关税和进口环节代征税：
（1）用于在保修期限内免费维修有关外国产品并符合无代价抵偿货物有关规定的零部件；
（2）用于国际航行船舶和航空器的油料、物料；
（3）国家规定免税的其他货物。
3、保税仓储货物存储期限为1年。确有正当理由的，经海关同意可予以延期；除特殊情况外，延期不得超过1年。
4、下列情形的保税仓储货物，经海关批准可以办理相关海关手续：
（1）运往境外的；
（2）运往境内海关特殊监管区域或者保税监管场所继续实施保税监管的；
（3）转为加工贸易进口的；
（4）转入国内市场销售的；
（5）海关规定的其他情形。
保税仓储货物已经办结海关手续的，收发货人应当在海关规定时限内提离保税仓库。特殊情况下，经海关同意可以延期提离。
5、保税仓储货物出库运往境内其他地方的，收发货人或其代理人应当填写进口报关单，并随附出库单据等相关单证向海关申报，保税仓库向海关办理出库手续并凭海关签印放行的报关单发运货物。
出库保税仓储货物批量少、批次频繁的，经海关批准可以办理集中报关手续。
6、保税仓储货物出库复运往境外的，发货人或其代理人应当填写出口报关单，并随附出库单据等相关单证向海关申报，保税仓库向海关办理出库手续并凭海关签印放行的报关单发运货物。
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