1990年至今，我国在改革开放不同时期，根据外向型经济发展需要，先后设立了保税区、出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区和跨境工业区等6种类型海关特殊监管区域，2012年起新设立的海关特殊监管区域统一命名为综合保税区，原有海关特殊监管区域正加快整合优化为综合保税区。截至目前，我国共有140个海关特殊监管区域，其中综合保税区共96个。
经过近30年的高速发展，综合保税区等海关特殊监管区域已成为我国开放型经济建设的重要平台，在承接跨国企业转移、促进外贸增长、带动国内产业升级、稳定地方就业、推动区域发展等方面发挥了重要作用。吸引了三星、富士康、戴尔、惠普、空客和波音等世界知名生产制造企业和一大批现代物流、服务企业入驻，创造了200多万个直接就业岗位。2018年，全国海关特殊监管区域实现进出口值5.1万亿元人民币，同比增长10.8%，占同期我国外贸进出口总额的16.9%。 伴随着我国与世界经济的深度融合，国内外市场经济形势的深刻变化，综合保税区等海关特殊监管区域出口导向的发展定位和配套政策制度已无法适应当前的发展需求。综合保税区需要从“以外为主”向“内外兼容”转型升级，更好地服务国际国内两个市场，统筹利用国际国内两种资源。 为贯彻落实习近平总书记关于发展更高层次的开放型经济，拓展对外贸易，培育贸易新业态新模式，实行高水平的贸易和投资自由化便利化政策，优化区域开放布局，推动形成全面开放新格局的重要指示，以及国务院有关开放型经济建设的具体部署，海关总署深入调研论证，认真听取地方人民政府、相关部门及企业的意见和建议，会同14个部门研究起草了《促进综合保税区高水平开放和高质量发展的若干意见》，今年1月2日经国务院常务会议审议通过。《若干意见》提出通过完善政策，拓展功能，创新监管，培育综合保税区产业配套、营商环境等综合竞争新优势，推动其发展成为具有全球影响力和竞争力的加工制造中心、研发设计中心、物流分拨中心、检测维修中心、销售服务中心。《若干意见》共21项任务举措，内容翔实，针对性强，含金量高。既立足当前，着力解决综合保税区现存的问题瓶颈，又着眼长远，促进引导综合保税区培育新业态，积聚新动能，培树新优势，集中体现为“五大亮点”。
按照综合保税区原有的出口导向型发展定位及政策设计，区内从事生产、贸易的企业均不具备一般纳税人资格。2016年10月在部分海关特殊监管区域开展了增值税一般纳税人资格试点，企业可以纳入增值税抵扣而降低税负成本，受到了地方政府和企业的欢迎。《若干意见》提出在综合保税区积极稳妥推广增值税一般纳税人资格试点。《若干意见》还提出释放企业产能，允许区内企业承接境内区外委托加工业务。这两项措施打通了综合保税区连接国内市场的障碍，便于企业利用国际国内两种资源，拓展国际国内两个市场。
如《若干意见》提出“简化海关业务核准手续，支持综合保税区内企业自主备案、合理制定核销周期、自主核报、自主补缴税款”，通过进一步简政放权，优化作业流程，简化核批事项和核批手续，强化企业市场主体地位，便于企业更好地自律管理，自主经营。又如“便利货物流转”，通过利用统一的信息化系统平台，对保税货物间的流转，由企业自行发送转入转出信息，系统自动对数据进行逻辑比对，卡口自动核放，企业自行运输，降低企业运行成本，提升海关监管效能。再如“对境外入区动植物产品的检验项目，实行‘先入区、后检测’，根据检测结果进行后续处置”等监管创新。这三条措施都体现了以诚信为前提、事中少干预、事后防风险的顺势监管理念，赋予企业更大自主权，进一步优化综合保税区的营商环境。
《若干意见》提出简化境内区外货物进出区管理，允许不涉出口关税、不涉贸易管制证件、企业不要求退税且不需纳入海关统计的货物、物品，由企业自主选择非申报方式入区，海关实施后续监管，顺应了企业对接国内市场的需求，服务企业经营发展。对区内企业生产制造的手机、汽车零部件等重点产品从自动进口许可证管理目录中剔除，解决了内销比例高、批次多的区内IT类等企业申领相关许可证件繁杂的问题。允许整车进口口岸的综合保税区开展进口汽车保税存储、展示，突破现行的进口汽车“落地征税”政策，一方面有利于降低汽车进口企业的经营成本，另一方面也是落实进一步扩大进口、拉动内需的具体举措。
《若干意见》提出赋予经评定符合有关标准的研发设计、加工制造企业最高信用等级，区内进口用于研发的货物、物品，免于提交许可证件，允许研发企业消耗用原料据实核销，支持研发创新机构入区发展，提升创新竞争力。支持医疗设备研发，区内企业进口的医疗器械用于研发、展示的，可不办理相关注册或备案手续，有利于加速国际先进医疗设备技术的吸收和利用，带动健康产业创新发展。支持开展全球维修、检测、再制造业务，促进区内产业向制造业两端延伸，有助于发展循环经济。逐步适用跨境电商零售进口政策，支持开展期货保税交割、保税融资租赁等业务，促进新业态、新动能等生产性服务业在综合保税区发展。
《若干意见》提出“支持综合保税区率先全面复制推广自贸试验区中与海关特殊监管区域相关的改革试点经验”，进一步拓展综合保税区的改革创新空间，最大范围释放自贸试验区制度创新红利。
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